ԵՄՀ ռեկտորատը ռեկտորին կից խորհրդակցական մարմին է, որը ԵՄՀ հոգաբարձուների խորհրդի և գիտական խորհրդի նիստերի միջև ընկած ժամանակահատվածում քննարկում է ԵՄՀ գործունեության ոլորտներին վերաբերող հարցեր: Ռեկտորատի անվանական կազմը հաստատում է ռեկտորը: